Žemaičių seniūnas ir LDK etmonas, grafas Jonas Karolis Chodkevičius su žmona Sofija, norėdami atitraukti gyventojus nuo pagonybės ir apsaugoti nuo plintančio iš Prūsijos protestantizmo, 1602 m. Kretingoje pastatė pirmą medinę bažnyčią bei įsteigė Šv. Pranciškaus Mažesniųjų brolių observantų, arba kitaip vadinamą bernardinų, vienuolyną. Matydamas didelį vienuolių darbo pasisekimą, jau kitais metais grafas liepė ruošti medžiagą naujam vienuolyno pastatui. 1605 m. statyba pradėta. Per 1600-1617 m. laikotarpį pastatyta ir nauja mūrinė bažnyčia, kurioje įrengti garsūs visoje Žemaitijoje vargonai. Mūrinių vienuolyno ir bažnyčios pastatymui Chodkevičius paskyrė Kretingos dvaro 12-os metų pajamas. Patys vienuoliai ant Pastauninko upelio pasistatė malūną. 1619 m. kovo 13 d. Varšuvoje Chodkevičiai vienuolynui surašė fundacijos aktą, pagal kurį paaukojo 3 valakus žemės ir dalį Kretingos dvaro pajamų pragyvenimui, būtent: Visų Šventųjų šventėje atiduoda geriausių kviečių septynias dešimtis statinių , grynų ir rinktinių kviečių bažnyčios reikalams - dešimt statinių, miežių  - šimtą penkiasdešimt statinių, avižų - šimtą penkiasdešimt statinių; Klaipėdos mugei, kuri Šv. Mergelės Marijos dangun ėmimo šventėje rengiama, - šimtą florinų, žuvų ir silkių pirkimui Adventui ir Gavėniai - penkiasdešimt florinų, medžiagai brolių drapanoms kasmet apie Šv. Martyno šventę - šimtą penkiasdešimt florinų, žąsų - pustrečios kapos, nerauginto medaus - dvi statines pagaminti bažnyčiai vaško, iš Kretingos dvaro ir apylinkės nuo kiekvieno lauko - po vieną malkų krūvą, liaudies vadinamą ašimi. Nauji Kretingos dvaro savininkai Sapiegos taip pat rūpinosi bažnyčia ir vienuolynu: Kazimieras Leonas dovanojo reikalingus indus, o Kazimieras Jonas 1672 m. atnaujino pastatus.

1659 ir 1710 m. vienuolyną apiplėšė ir nuniokojo švedų kariuomenė. Sapiegos ne tik suremontavo pastatus, bet ir atnaujino didįjį altorių. Manoma, kad prie bažnyčios interjero apdailos prisidėjo skulptorius ir tapytojas Jokimas Dobročinskis. Didžiojo Žemaitijos maro metu išmirė ir daug vienuolių. Juos nuo bado gelbėjo dvaro savininkai, atsiųsdami duonos.

1832 m. Kretingos vienuolynas priskirtas prie etatinių, bet novicų priimti neleisdavo, o į jį siųsdavo daugiausiai caro valdžiai nusikaltusius kunigus bei uždaromų vienuolynų žmones. 1886 m. uždarius Kęstaičių rokitų vienuolyną, prie kurio veikė ir kunigų prieglauda, į Kretingą perkelti jos gyventojai, turį psichinių sutrikimų. Čia patekdavo ir dvasinei drausmei nusižengusių kunigų (daugiausia girtuokliai). 1858-1914 m. vienuolyne pabuvojo 68 atgailaujantys kunigai.

Iš išlikusių XVIII-XIX a. inventorių galima susidaryti bendrą vienuolyno vaizdą. Netoli Pastauninko santakos su Akmena stovėjo akmenų mūro siena apjuosta bažnyčia, vienuolyno rūmai, svirnas su rūsiu, ledainė, šeimynos namas, arklidės su daržine, tvartai su ratine, daržinė, paukštidė ir sandėliai. Prie tvenkinio buvo kluonas, daržinė, vandens malūnas, palivarko namas su skalbykla bei pristatytu mediniu tvarteliu. Už jo veikė kalkių degykla. Prie Akmenos rymojo smuklė („bravoras”), pusiau mūrinė pirtis, skalbykla ir du mediniai namai vienuolyno tarnautojams. Šalia vienuolyno buvo daržai ir sodas, kuriame stovėjo sodininko namelis ir saulės laikrodis. Vienuolyno rūmai dviejų aukštų su uždaru kiemu. Pirmame aukšte gyveno gvardijonas, įrengti du refektoriai (didysis ir mažasis), virtuvė, sandėliai ir kitos pagalbinės patalpos. Antrame aukšte - 29 celės su kamaromis bei biblioteka. 1908 m. pagal Krokuvos architekto Sławomiro Odrziwolskio projektą bažnyčia perstatyta. Pristatytos dvi šoninės navos, išmūrytas erdvus transeptas su puošniais frontonais. 

Vienuolyno atgimimas yra susijęs su kunigu Antanu Bizausku. Jis 1912 m., gavęs valdžios leidimą, įstojo į vienuolius, pasirinkdamas Pranciškaus vardą. Ypač vienuolynas suklestėjo tarpukario metų Nepriklausomoje Lietuvoje, 1939 m. turėjo 110 žmonių. Pastatyta moderni mokykla, Šv. Antano misijų kolegija, Šv. Antano rūmai. Turėjo savo spaustuvę, knygrišyklą, kino salę.

1940 07 26 vienuolynas bolševikų valdžios uždarytas, kai kurie vienuoliai ištremti, o pastatuose apgyvendinta Raudonoji armija. 1941 06 26 mieste kilo gaisras, smarkiai apnaikinęs bažnyčią ir vienuolyno pastatus. Vokiečių okupacijos metais grįžę pranciškonai bandė atgaivinti savo veiklą, bet antroji tarybinė okupacija to neleido padaryti. 1946 m. vėl vienuolynas ir mokykla uždaryti, dalis vienuolių ištremti į Sibirą, o kiti išblaškyti. 1949 m. neleista registruoti Kretingos vienuolyno bažnyčios, o prieš tai konfiskuotas visas turtas. Vienuolyno patalpose gyveno kareiviai, o vėliau perleistos kraštotyros muziejui, kuris jas restauravo. 1989 m. lapkričio 19 d. pranciškonai laikė pirmas mišias savo buvusioje šventovėje. Ši data laikoma pranciškonų grįžimo į Kretingą švente. 1991 m. jiems grąžintos ir vienuolyno patalpos. 

Bažnyčia remontuota 1950 m., o jos bokštas atstatytas klebono Bronislovo Burneikio rūpesčiu 1982 m. Šis klebonas šventoriuje pastatė naują kleboniją; sutvarkė šventoriaus tvorą ir, nuliedinęs tris varpus, įkeldino juos į bažnyčios bokštą.

Atvykę į Kretingą vienuoliai, pasižymėjo savo ganytojiškais darbais, todėl fundatoriai Chodkevičiai nesigailėjo jiems gerų žodžių ir naujų aukų. 1610 m. įsteigta pirmoji mokykla, kuriai vadovavo vienuoliai. Vilniaus vyskupas kunigaikštis Masalskis, kuris buvo ir švietimo komisijos narys, 1774 m. Kretingoje įkūrė gimnaziją. Jai vadovavo jėzuitas Kovsanas. Prie mokyklos buvo bendrabutis, kurį tvarkė pranciškonai. Gimnaziją lankydavo apie 300 mokinių.

1793 m. gimnazija perkelta į Telšius. Kretingos vienuoliai tada savo pastangomis įkūrė triklasę mokyklą. Tai matydamas naujasis savininkas grafas Platonas Zubovas 1809 m. įsteigė gimnazijos kurso mokyklą. Joje kasmet mokėsi apie 200 vaikų. XIX a. vienuolyne gyveno ir dirbo garsus floristas botanikas tėvas Ambrozijus Pabrėža bei lietuvių kalbos gramatikos autorius tėvas Simonas Grosas. Tėvas Ambrozijus garsėjo kaip pamokslininkas, gydytojas.  Dėl caro vykdytos politikos pastoracinis darbas buvo stabdomas, pašlijo vienuolyno drausmė, nebuvo sąlygų susikaupimui. Tarp Kretingoje už bausmę įkalintų kunigų buvo ir gan garsių. Pavyzdžiui, kun. P. Lialis nubaustas už kareivių pakurstymą dalyvauti prelato E. Barauskio laidotuvėse. Jis buvo suorganizavęs knygnešių grupę, net redagavo Tumo-Vaižganto įkurtą „Tėvynės Sargą”. Prieš tremtį už atsisakymą leisti katalikus vaikus į cerkvę caro šeimos švenčių proga kelis mėnesius kalėjo Aleksandras Dambrauskas. Povilas Dogelis nubaustas už atsisakymą mokyti tikybos rusų kalba.

Vienuoliai savo kultūrinę šviečiamąją veiklą ypatingai buvo išvystę tarpukario metais. 1923 m. pranciškonai pradėjo leisti mėnesinį laikraštį „Šv. Pranciškaus varpelis”, kurį spausdino Klaipėdoje. 1932 m. jo tiražas siekė 20 000 egzempliorių. Nuo 1935 m. pakeistas leidinio pavadinimas į „Pranciškonų pasaulį”. 1936-1939 m. leido savaitraštį kunigams „Sursum corda”, 3 000 egz. tiražu spausdino tremtinių kalendorių - Metraštį. Kretinga buvo Lietuvos tretininkų centras. Vienuoliai paruošė ir išspausdino nemažai maldaknygių bei kitų katalikiškų knygų. 1932 m. pradėta statyti nauja mokykla kolegija, kuri išaugo į gimnaziją. Joje mokėsi apie 200 mokinių. Kolegija turėjo gerai įrengtus fizikos, gamtos mokslų, geografijos kabinetus, 4 000 knygų biblioteką. Tarpukario metais pranciškonų mokykloje mokėsi ir ją baigė būsimas poetas, teologijos mokslų daktaras Kazimieras Andriekus (Tėvas Leonardas).

Vienuolynas taip pat turėjo turtingą biblioteką. 1788 m. joje buvo 758 knygos, 1888 m. - 3132, o prieš II-ąjį pasaulinį karą - su archyvu apie 10 000. Bibliotekoje buvo 40 inkunabulų.

Iki dabar ypatingai iškilmingai Kretingoje švenčiami pranciškonams būdingi Šv. Antano ir Švč. Mergelės Marijos Angeliškosios (Porciunkulės) atlaidai (keliami į sekmadienį).

Vienuolynas neprarado savo ansambliškumo. Yra išlikę šie pastatai: Viešpaties Apreiškimo Švč. Mergelei Marijai bažnyčia, vienuolyno rūmai, mokykla, Šv. Antano institutas, elektrinė, dirbtuvės, špitolė, dėstytojų namai, grota - Lurdas, dirbtuvės, skalbykla, ūkinis pastatas ir akmeninis namelis šventoriuje, kuris gal naudotas kaip šarvojimo patalpa. Dar ne visi pastatai grąžinti tikriesiems šeimininkams. 1995 m. vienuolyne buvo 13 kunigų, 3 broliai, 16 studentų, 8 kandidatai. Nuo 1993 m. su pertrūkiais leidžia žurnalą „Šv. Pranciškaus varpelį”. Rengia jaunimo stovyklas. Vienuolyne yra biblioteka, labdaros valgykla ir vaistinė.

Bažnyčia ne kartą perstatyta, remontuota, todėl joje yra įvairių stilių - gotikos, renesanso bruožų, 7 barokiniai altoriai. Po centriniu altoriumi yra palaidota didikų bei vienuolių. Ant sienos kabo fundatorių Sofijos ir Jono Karolio Chodkevičių portretai. Šv. Antano paveikslas garsėja savo stebuklinga gydomąja galia, todėl prie jo yra daug votų. Išlikę vertingos choro stalės su vienuolių portretais, drožiniais ir fundatorių herbais puoštos centrinės ir zakristijos durys, sakykla su 11 skulptūrų (tarybiniais metais 8 skulptūros pavogtos, pagamintos kopijos). Kapinėse yra palaidotas Jurgis Pabrėža (tėvas Ambrozijus), ant kurio kapo tarpukario metais pastatyta koplytėlė.

P. Š.

  bėcėlinė rodyklė erminų žodynėlis iteratūra eidinio informacija urinys